粘着素材の研究開発に携わるお客様より、大規模な分子動力学計算を行うためのマシンをご相談いただきました。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory：DFT)も利用する予定があります。
また、GPGPUでの計算を行うため、CUDAのインストールもご希望いただきました。
具体的な条件は以下の通りです。
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・機種はMac Pro |
上記を踏まえ、弊社からは下記のスペック構成をご提案しました。
【主な仕様】
| CPU | AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア) |
| メモリ | 256GB |
| ストレージ1 | 480GB SSD S-ATA |
| ストレージ2 | 4TB HDD S-ATA |
| ビデオ | NVIDIA T400 |
| ネットワーク | on board (1GbE x1 10GBase-T x1) |
| 筐体+電源 | タワー型筐体 + 1000W (リダンダント電源) |
| OS | RockyLinux |
| GPU | NVIDIA A100 80GB PCI-E |
| その他 | CUDA Toolkit |
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。
検討のポイントは以下の通りです。
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■Point AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A100 を搭載する構成の場合、冷却方法の検討が必要 |
AMD ThreadripperPROは水冷CPUクーラーが標準仕様となっているため、筐体側にはNVIDIA A100を冷却できるほどのFANが標準搭載されておりません。 そのため、NVIDIA A100の冷却はGPU冷却専用のケースFANの追加で対応しています。 また、PCI-Eの空きスロットにダミーカバーを取り付けることで、NVIDIA A100の冷却効率UPを図っています。
LAMMPSとGROMACSの利用においてGPUでの倍精度計算を行わない場合には、GPUを一般的な製品に変更してコストを抑えることができます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
■FAQ・LAMMPSとは 参考：LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは 参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます
・NVIDIA A100とは 参考：NVIDIA A100 Tensor コア GPU (NVIDIA) ※外部サイトに飛びます
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