Cell Ranger用ワークステーション

健康に関する研究に携わるお客様より、社内で複数名 (5名程度) が同時に解析作業を行えるワークステーション導入のご相談をいただきました。
使用予定ソフトは Cell Ranger や Qiime2 で、OS は Ubuntu 22.04 を希望されています。
構成としては、128GB以上のメモリ、GeForce RTX 2080以上のGPU、2TB以上のストレージを備え、将来的な拡張性と複数ユーザーによる同時利用を前提とした設計をご検討中です。

CPU	Intel Xeon Gold 6530 2.10GHz(TB 4.00GHz) 32C/64T x2
メモリ	合計512GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 16
ストレージ1	1TB SSD M.2 NVMe Gen4
ストレージ2	8TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ	NVIDIA GeForce RTX5080 16GB
ネットワーク	on board (10GBase-T x2)
筐体+電源	ミドルタワー筐体　1500W 80PLUS PLATINUM
OS	Ubuntu 22.04

CPUとメモリ構成について

複数名の同時解析を想定し、Intel Xeon Gold 6530 (32コア) を2基搭載し、合計64コアの高並列処理が可能な構成としました。
5名での同時使用を想定する場合、一人当たり12コア前後使用できる計算です。

メモリは512GBのDDR5 ECCを搭載しています。
Cell Rangerの最小要件は64GBですが、複数名の同時解析に対応するため、余裕を持った容量を確保しています。

GPUの選定について

当初ご希望のRTX 2080は世代的に古く、最新の解析環境との互換性に懸念があるため、GeForce RTX 5080 16GBを採用しました。
TensorFlowなどの深層学習フレームワークとの互換性も高く、VRAM不足によるCPU処理への切り替えを防ぐ構成です。

ストレージと拡張性について

ストレージは、システム用に1TB、データ保存用に8TBのNVMe Gen4 SSDを搭載しています。
システム領域と、各ユーザーのデータ保存領域を、別々のストレージに分けてマウントする想定です。
SSDは空き容量が減ると速度が低下しやすいため、システム用SSDの空き容量の減少を抑えることで、処理速度の安定性を保っています。

参考：SSDは空き容量がある程度あった方が高速に使える？

OSとサポートについて

OSはUbuntu 22.04を採用。Linux環境でのバイオ系解析ツールとの親和性が高く、弊社でも多数の納入実績があります。
なお、Ubuntu 22.04のサポートは2027年4月までであるため、将来的なアップグレードも視野に入れた構成としています。

このような分野で活躍されている方へ バイオインフォマティクス 次世代シーケンサー解析 顔画像解析 ビッグデータ解析 統計解析

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

キーワード ・Cell Rangerとは Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。 Cell Ranger | Official 10x Genomics Support※外部サイトに飛びます

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら Cell Ranger用ワークステーション ※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。