AlphaFold3用ワークステーション

分子構造予測や解析を行う研究用途で、AlphaFold3等に対応する GPU マシンについてご相談をいただきました。
使用予定ソフトは AlphaFold3、Amber、R 。
ハードウェアについては、Xeon W7-3545、RTX PRO 5000、DDR5-5600 ECC R-DIMM 32GB×8 構成のメモリ、ストレージには480GB SSD×2と15.36TBU.2 NVMe Gen5 SSD×1を搭載し、Ubuntu 24.04 環境での安定動作を重視されています。
3 年保証とラック設置を含む見積もりをご希望で、将来的な RAID 構成や SSD 追加にも対応できる拡張性のある構成を求められています。

CPU	Intel Xeon W7-3545 2.70GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 24C/48T
メモリ	合計256GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 8
ストレージ1	480GB SSD S-ATA x2
ストレージ2	15.36TB SSD U.2 NVMe Gen5
ビデオ	NVIDIA RTX PRO5000 48GB
ネットワーク	on board (1GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源	GPGPU用 4Uラックマウントシャーシ ＋ 1500W 80PLUS PLATINUM
OS	Ubuntu 24.04
その他	3年センドバック保証 CUDA Toolkit インストール ラックマウント用 スライドレール SAS/SATA対応 RAIDカード 現地設置 (開梱・ラッキング・ケーブリング・起動確認)

CPUとメモリ構成について

お客様のご指定どおり，24コア48スレッドのXeon W7-3545を搭載しております。
メモリは合計256GB (32GB×8) を搭載し、大規模な分子動力学計算や機械学習処理にも十分な容量を確保しています。

GPUの選定について

ご希望のRTX PRO 5000 48GBを搭載し、Alphafold3の推論処理やCUDAベースの解析に最適化された構成です。
将来的なGPU追加にも対応できるよう、PCIe x16スロットを6本備えた拡張性の高いマザーボードを選定しています。
なお、将来的にGPUを追加される場合は、電源やRAIDカードの調整等が必要となるため、計画段階でご相談いただくことをおすすめします。

ストレージとRAID対応について

480GB SATA SSDに加え、15.36TBのU.2 NVMe Gen5 SSDを搭載。
高速なデータアクセスが求められる解析用途に対応しつつ、RAID構成の柔軟性も確保しています。
SAS/SATA対応のRAIDカードを搭載しており、将来的なRAID構成変更やSSD追加にも対応可能です。

ケース・電源・設置対応について

タワー・4Uラックマウントどちらにも対応可能な筐体を採用し、GPUや拡張カードの冷却・設置性を確保。
1500Wの80PLUS PLATINUM電源を搭載し、安定した電力供給を実現しています。
現地設置 (開梱・ラック設置・起動確認) まで対応可能で、3年センドバック保証もお付けしています。

ソフトウェア環境について

AlphaFold 3のGPU環境構築をスムーズに行えるよう、CUDA Toolkitをあらかじめプリインストールしています。

また、ご要望に応じてAmberやRなどの分子解析・統計解析ソフトウェアもプリインストールした状態でご提供可能です。

このような分野で活躍されている方へ 分子動力学 統計解析 バイオインフォマティクス 医学 生物学

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

キーワード ・AlphaFoldとは AlphaFoldは、DeepMindが開発した革新的なタンパク質構造予測AI。アミノ酸配列から高精度な立体構造を予測することが可能で、従来の実験的手法 (X線結晶構造解析やNMR) に比べて圧倒的なスピードとコスト効率を実現。構造生物学、創薬、酵素設計、疾患研究など幅広い分野で活用されており、AlphaFold Protein Structure Databaseを通じて数百万の構造情報が公開されている。 参考：AlphaFold – DeepMind ・Amberとは Amberは、分子動力学(MD)シミュレーションを高精度かつ高速に実行できる計算化学ソフトウェアです。 GPUアクセラレーションに対応しており、大規模な生体分子系の長時間シミュレーションを効率的に実行できます。タンパク質、核酸、脂質などの構造解析や自由エネルギー計算に広く利用されており、CUDA対応GPUによる並列計算によって、従来のCPUベース計算に比べて劇的な高速化を実現しています。 参考：Amber GPU Performance Benchmarks – ambermd.org

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら AlphaFold3用ワークステーション ※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。