計算化学・分子シミュレーション系の研究に携わるお客様より、反応機構解析、タンパク質ドッキング、インシリコ (計算化学) スクリーニングを想定した計算用 PC 導入のご相談をいただきました。
Gaussian16 を中心に LAMMPS や GROMACS も併用しており、現行機では性能不足を感じている状況です。
将来的には Linux 環境に移行し、LAMMPS と GROMACS を主軸に利用することも想定されています。
ご予算は約100万円 (超過も可) で、さらに Gaussianの倍精度 (fp64) 性能を活用できるか、お問い合わせいただきました。
| CPU | AMD Ryzen9 9950X 4.30GHz (Boost時最大5.70GHz) 16C/32T |
| メモリ | 合計128GB DDR5 5600 32GB x 4 |
| ストレージ1 | 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ビデオ | NVIDIA GeForce RTX5090 32GB |
| ネットワーク | on board (2.5G x1) Wi-Fi，Bluetooth |
| 筐体＋電源 | ミドルタワー型筐体＋1500W 80PLUS TITANIUM |
| OS | Microsoft Windows 11 Professional 64bit |
CPUとメモリについて
Gaussian は計算の多くを CPU で処理するため、並列利用するコア数と実効クロックが計算時間に直結します。
今回は、ご予算内で並列計算時の性能を確保できる、Ryzen 9 9950X (16コア) を採用しました。
メモリはご要望に合わせて128GB (32GB×4枚) を搭載しています。
Ryzen 9 9950X は最大 192GB まで対応しますが、今回の構成ではスロットがすべて使用されています。
そのため、メモリ容量を192GBへ増量する場合は、増設ではなく既存モジュールをすべて交換する必要があります。
GPUの選定について
ご希望の3候補それぞれでお見積りを作成しました。
今回は価格と性能のバランス面で検討が進んだ RTX 5090 (32GB) 構成をご紹介しています。
なお、ご要望いただいた各GPUは、単精度 (fp32) での処理を主用途としたモデルです。
RTX 5090でも倍精度 (fp64) 演算は扱えますが、fp64を重視する解析では期待した性能が得られない場合があります。
その場合は、倍精度演算の必要性やご予算を踏まえて、最適な構成をご提案します。
このような分野で活躍されている方へ
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テガラのオーダーメイド PC 製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
キーワードGaussianとは Gaussian は量子化学計算を行う商用ソフトウェアで、分子の電子構造、反応機構、スペクトル特性などを高精度に予測できます。 LAMMPSとは LAMMPS は大規模な原子・分子系を扱えるオープンソースの分子動力学シミュレーションソフトです。 GROMACSとは GROMACS は高速性に定評のある分子動力学シミュレーション用オープンソースソフトで、特にタンパク質や脂質などの生体分子解析に強みを持ちます。 |
