TEGAKARI
  • ホーム
  • 海外製品 新着情報 (ユニポス)
  • 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)
  • 研究開発者向けサービス情報
    • レンタルサービス tegakari
  • 技術情報記事
  • バージョンアップ情報
  • テガラからのお知らせ
  • お問い合わせ
ピックアップ新着記事
  • [ 2023年3月24日 ] 【製品相談事例】Chaos Corona – ライセンスの選び方 マルチメディア(映像・画像・音声)処理
  • [ 2023年3月24日 ] 【リリース情報】Pythonスクリプトの難読化ツール「PyArmor」ライセンス形態変更のお知らせ アプリケーション開発・プログラミング
  • [ 2023年3月23日 ] 【製品紹介】Hak5 WiFi Pineapple : 無線LANペンテスト(侵入テスト)ツール 情報学
  • [ 2023年3月23日 ] 材料計算用マシン 研究用ワークステーション
  • [ 2023年3月23日 ] NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン 研究用ワークステーション

ホーム > 研究開発用PC 構成事例 (テグシス) > fMRI動画解析用マシン

fMRI動画解析用マシン

2023年2月2日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

脳科学分野の研究に携わるお客様より、磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うためのマシンをご相談いただきました。
ご希望の条件は以下の通りです。

・MATLABやPython、Fijiなどを用いた画像解析を想定している。
・MATLABではParallel Computingを利用するため、CPU性能を重視。
・単一データの容量が4GB程度なので、メモリ容量も重視。
・その他、SPMやCONNも日常的に利用している。
・DeepLearningは想定していない。
・OSはWindows 10。
・予算は200万円程度。

お伺いした情報を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。

【主な仕様】

CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2
メモリ 512GB REG ECC
ストレージ1 1TB SSD M.2
ストレージ2 7.68TB SSD U.2
ビデオ NVIDIA T1000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit

CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成としています。

OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としました。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。

参考:maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます

この状況への対応策としては、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法や、OSをWindows 11にするという方法が考えられます。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。

参考:プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

■FAQ

・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。

参考:MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、また目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気のある言語。

参考:Python ※外部サイトに飛びます

TEGAKARI
2020.12.11
【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミン...
https://www.tegakari.net/2020/12/sp-python
 Pythonの特徴 - どんなところが人気なのかPythonは、Python Software Foundation (PSF)が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語です。...

・Fijiとは
Fijiはオープンソースの画像処理用ソフトウェア。科学的な画像分析に適した多数のプラグインがバンドルされている。

参考:Fiji ※外部サイトに飛びます

・プロセッサーグループとは
CPUを安定動作させるための制限。
1つのプロセスがCPU全てを使ってしまうことがないように、リソースを制限する手段。

 

・SPMとは
SPM (Statistical parametric mapping)は、機能的な神経画像データの分析を支援するソフトウェア。MATLABで作成されたフリーソフトウェアとして配布されている。

参考:SPM (University College London) ※外部サイトに飛びます

・CONNとは
CONNは、fMRIにおける機能的結合の計算、表示、および分析を行うためのMATLABベースのクロスプラットフォームイメージングソフトウェア。

参考:CONN toolbox ※外部サイトに飛びます

 

 

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら
fMRI動画解析用マシン

※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。

  • fMRI
  • バイオインフォマティクス
  • MATLAB
  • Python

この記事を読んだ方はこんな記事も読んでいます

化学

【ワークショップ情報】ケモメトリクスソフトウェア「PLS_Toolbox」 @ 東京

2019年12月23日 テガラ株式会社 化学, 海外製品 新着情報 (ユニポス), セミナー・ワークショップ開催情報

■こちらは、2019年12月23日に投稿された記事のため、情報の内容が古い可能性があります。 こちらのワークショップは終了しました 化学エンジニアや分析化学者、 […続きを見る]

アプリケーション開発・プログラミング

ActiveState社製 各種言語ディストリビューションの統合プラットフォーム「ActiveState Platform」

2019年2月4日 テガラ株式会社 アプリケーション開発・プログラミング, 海外製品 新着情報 (ユニポス)

■こちらは、2019年2月4日に投稿された記事のため、情報の内容が古い可能性があります。ユニポスWEBサイトに、ActiveState社製 各種言語ディストリビ […続きを見る]

アプリケーション開発・プログラミング

Pythonスクリプトの難読化ツール「PyArmor」

2019年10月28日 テガラ株式会社 アプリケーション開発・プログラミング, ネットワーク・セキュリティ, 海外製品 新着情報 (ユニポス)

■こちらは、2019年10月28日に投稿された記事のため、情報の内容が古い可能性があります。ユニポスWEBサイトに、Pythonスクリプトの難読化ツール PyA […続きを見る]

サイト内検索:

SNSアカウント

  • Twitter
  • YouTube
  • Facebook

テガラ株式会社 YouTube動画

【IR Pass Filter の効果】RealSense D435 と D435f でホワイトボードを撮影

最新の投稿動画を表示しています。
この他の動画はテガラ株式会社 Youtubeチャンネルをご覧ください

人気の記事 (過去7日間のアクセスランキング)

  • Ubuntu 22.04におけるPコアとEコアの挙動について 2022年6月13日
  • ライフサイエンス分野向けのイラストツール「BioRender」 2021年9月30日
  • 3Dカメラ 8種類を 様々な環境で比較しました 【その② 屋内編】 2020年9月7日
  • プロジェクションマッピングソフトウェア「MadMapper」の 最新バージョン 5 が正式リリースされました 2021年12月23日
  • 本社移転のお知らせ 2023年3月13日

最新投稿記事

  • Chaos Coronaのライセンスについて解説します
    【製品相談事例】Chaos Corona – ライセンスの選び方
    2023年3月24日
  • 【リリース情報】Pythonスクリプトの難読化ツール「PyArmor」ライセンス形態変更のお知らせ
    2023年3月24日
  • Mobile Application Testing using WiFi Pineapple
    【製品紹介】Hak5 WiFi Pineapple : 無線LANペンテスト(侵入テスト)ツール
    2023年3月23日
  • 材料計算用マシン
    2023年3月23日
  • NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン
    2023年3月23日

注目のタグ

VR (44) 解析ツール (42) 3Dカメラ (39) 統計解析 (38) SBC (36) スペクトル (35) RealSense (35) 小型SBC (35) ロボットアーム (34) 計装 (33) デプスカメラ (30) 機械学習(マシンラーニング) (29) シミュレーション (29) 動画・映像 (29) IoT (27) AR (27) .NET (26) ロボティクス (25) 車載 (25) JavaScript (24) UI (24) Metashape (24) サポート (23) サイバーセキュリティ (23) 計測器 (22) フォトグラメトリー (22) LIDAR (22) DNA (21) 可視化 (21) 心理学 (21) 画像処理 (21) AI (20) MATLAB (19) 刺激呈示 (19) ROS (19) 脳波 (18) DeepLearning (18) 臨床 (18) 3Dモデル (18) Web開発・制作 (17) 次世代シーケンサー (17) Raspberry Pi (17) ディープラーニング (17) Python (17) 教育 (17) GIS (16) モデリング (16) テストツール (16) CAE (16) 教育ロボット (16) 構造解析 (16) アニメーション (16) プロトコル (15) ライブラリ (15) プログラミング (15) ToF (15) Arduino (15) 情報発信12月号 (14) 画像解析・画像検査 (14) ロボット (14) 2022年8月 配信記事 (14) チャート (14) ニューロテクノロジー (14) 2022年7月 配信記事 (14) ドローン (14) モーションキャプチャ (14) マテリアル (14) 周辺機器 (14) モバイルロボット (14) SLAM (14) 写真 (13) 3Dモデリング (13) 監視 (13) 数値解析 (13) プロトタイプ (13) 装置制御 (13) 24時間稼働 (13) デプスセンサ (13) マルウェア (13) 流体解析 (13) 第一原理 (13) 情報発信22年4月号 (13) IDE(統合開発環境) (13) 制御 (12) 心理実験 (12) 開発・評価キット (12) キャプチャグローブ (12) 測量 (12) 放射線 (12) 分子生物学 (12) 遺伝子 (12) Unity (12) 情報発信22年3月号 (12)
分野別に情報を探す – Category
  •  人文学・社会科学
  •  数物系科学
  •  化学
  •  工学
  •  医学・看護学・薬学
  •  生物学・農学
  •  情報学
 
  •  人工知能
  •  ロボティクス
  •  センサー技術
  •  開発キット・電子工作
  •  デジタルガジェット
  •  自動車・車両(vehicle)関連
  •  産業用通信技術
  •  アプリケーション開発・プログラミング
  •  ネットワーク・セキュリティ
  •  マルチメディア(映像・画像・音声)処理
  •  業務支援・効率化ツール
Translate
English English Japanese Japanese
お問い合わせフォーム – Contact
TEGAKARI へのお問い合わせはこちら
サイト内リンク
プライバシーポリシー
運営WEBサイト (サービス)
テガラ株式会社
テガラ株式会社コーポレートサイト

UNIPOS
研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス

テグシス
研究用・産業用PCの製作・販売サービス
SNSアカウント
  • Twitter
  • YouTube
  • Facebook

テガラ株式会社

テガラは、研究開発者さまに有用な製品・サービス・情報を統合的 (integrated) に提供するプラットフォームです。「研究開発を加速するお手伝い」

Copyright © 2020 | テガラ株式会社