TEGAKARI
  • ホーム
  • 海外製品 新着情報 (ユニポス)
  • 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)
  • 研究開発者向けサービス情報
    • レンタルサービス tegakari
  • 技術情報記事
  • バージョンアップ情報
  • テガラからのお知らせ
  • お問い合わせ
ピックアップ新着記事
  • [ 2025年6月16日 ] 遺伝子解析用・構造予測向けマシン 研究用ワークステーション
  • [ 2025年6月12日 ] SmartSolo国内代理店として「JpGU2025」に参加いたしました 研究開発向けターンキーシステム (TKS)
  • [ 2025年6月11日 ] マルチオミクス・分子シミュレーション向けマシン 研究用ワークステーション
  • [ 2025年6月9日 ] Gaussian向け量子化学計算用マシン 研究用ワークステーション
  • [ 2025年6月5日 ] 機械学習・大規模言語モデル (LLM) 処理向けマシン 研究用ワークステーション

ホーム > 研究開発用PC 構成事例 (テグシス) > Cell Ranger・QuPath用ワークステーション

Cell Ranger・QuPath用ワークステーション

2024年5月14日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 医学・看護学・薬学, 生物学・農学, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

遺伝子研究に携わるお客様より、予算100万円程度でのバイオインフォマティクス用ワークステーション導入をご相談いただきました。
現在はシングルセルRNA解析などのゲノム解析をメインで行っており、今後は高画質の病理画像を併用した空間遺伝子解析も行う予定があると伺っています。

マシンのスペックに関しては、CPUのコア数とメモリ容量を重視したいとご要望いただきました。
使用するソフトウェアはCell RangerやQuPathなどを想定しており、OSはLinuxをご希望です。
お客様からは、「Linuxの利用には慣れていないため、可能であればCell RangerとQuPathをインストールした状態で出荷して欲しい」とのご相談もいただいています。

これらの情報を踏まえ、弊社からは下記の構成をご提案しました。

CPU AMD Ryzen Threadripper 7960X (4.20GHz 24コア)
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ NVIDIA T400 4GB
ネットワーク on board(2.5GbE x1 10GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS Ubuntu 22.04
その他 Cell Ranger、 QuPathインストール

予算内でCPUコア数・メモリ容量を重視した構成

ご予算の範囲内でCPUのコア数・メモリ容量を重視した構成をご提案しました。
CPUは2024年5月時点で最新のAMD Ryzen Threadripper 7000 シリーズの24コアモデルを搭載しています。
メモリは64GBモジュール x4枚で合計256GBです。
24コアのCPUと256GBのメモリ容量により、解析時の高いパフォーマンスが期待できます。

なお、現時点ではCell RangerとQuPathのGPUアクセラレートへの対応は限定的なため、GPUアクセラレートを使用しない場合は、エントリークラスのビデオカードでも動作に支障はないと考えられます。そのため、ご予算を重視し、GPUアクセラレートの使用は考慮せず、エントリークラスのワークステーション向けビデオカード NVIDIA T400 4GBを選定しています。

注意点として、本マシンの電源容量は現在の構成用に選定されているため、将来的なGPU増設などの機器追加・アップグレードが考慮されていません。
GPUの増設など消費電力の大きい機器を増設する予定がある場合は、構成の変更も可能ですのでお気軽にご相談ください。

Cell Ranger・QuPathの事前インストールサービス

お客様のご希望にあわせて、Cell Ranger・QuPathを事前インストールした状態で出荷いたします。
なお、QuPathはLinuxでも動作しますが、いくつかの問題が報告されています。
詳細は下記公式マニュアルをご参照ください。

参考:Installation — QuPath 0.5.1 documentation

また、ご希望の場合はCell RangerをLinuxに、QuPathをWindowsにインストールしたデュアルブート構成とすることも可能です。
その他のソフトウェアにつきましても、事前インストールをご希望の際には気兼ねなくお申し付けください。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください

■キーワード

・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。

参考:Cell Ranger(10x Genomics) ※外部サイトに飛びます

・QuPathとは

QuPathは、生体画像解析のためのオープンソースソフトウェア。豊富な解析機能を備えており、スライド画像全体を総合的に可視化し、分析することができる。

参考:QuPath ※外部サイトに飛びます

 

 

用途と予算だけで気軽に見積 - テグシスのかんたんお問合せフォーム

 

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら
Cell Ranger・QuPath用ワークステーション

※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。

  • Cell Ranger
  • バイオインフォマティクス

この記事を読んだ方はこんな記事も読んでいます

研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

NGSデータ処理とマルチオミクス解析用マシン

2023年10月31日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 医学・看護学・薬学, 生物学・農学, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

有機肥料の開発に携わるお客様より、アンプリコンシーケンス解析のデータ処理とマルチオミクスの統合解析用ワークステーションをご相談いただきました。 Rパッケージ ( […続きを見る]

業務支援・効率化ツール

研究開発の効率化に役立つ環境評価支援ツールのご紹介 – その2 【ユニポス】

2024年11月30日 テガラ株式会社 数物系科学, 化学, 医学・看護学・薬学, 生物学・農学, 情報学, 人工知能, 業務支援・効率化ツール, 海外製品 新着情報 (ユニポス)

【ご確認ください】こちらは以下の記事の続編記事となります 研究開発の効率化に役立つ環境評価支援ツールのご紹介 – その1 【ユニポス】 前回の振り返 […続きを見る]

研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

ナノポアシーケンサー解析用マシン (GPU性能優先)

2023年1月31日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

お客様より、ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンをご相談いただきました。 想定されている条件は以下の通りです。 ・CPU:2CPU構成が […続きを見る]

サイト内検索:

テガラ株式会社 YouTube動画

【IR Pass Filter の効果】RealSense D435 と D435f でホワイトボードを撮影

最新の投稿動画を表示しています。
この他の動画はテガラ株式会社 Youtubeチャンネルをご覧ください

人気の記事 (過去7日間のアクセスランキング)

  • データサイエンスプラットフォーム「Anaconda」の小規模利用有償ライセンス 2022年6月28日
  • 【製品紹介】MarineTraffic : 船舶に関するリアルタイム情報提供サービス(サブスクリプションプラン) 2023年4月6日
  • PDF生成ライブラリ「iText」のライセンス形態変更のお知らせ 2022年8月29日
  • 【製品紹介】Leap Motion Controller 2 – 手や指の動きを認識するハンドトラッキングカメラ 2023年6月9日
  • Burp Suite 機能比較紹介 (Enterprise Edition vs. Professional) 2024年8月9日

最新投稿記事

  • 遺伝子解析用・構造予測向けマシン
    2025年6月16日
  • JpGU2025 SmartSolo社と参加しました(ユニポス.net)
    SmartSolo国内代理店として「JpGU2025」に参加いたしました
    2025年6月12日
  • マルチオミクス・分子シミュレーション向けマシン
    2025年6月11日
  • Gaussian向け量子化学計算用マシン
    2025年6月9日
  • 機械学習・大規模言語モデル (LLM) 処理向けマシン
    2025年6月5日

注目のタグ

解析ツール (56) 3Dカメラ (55) 機械学習(マシンラーニング) (53) AI (47) ロボティクス (45) VR (44) ロボットアーム (42) バイオインフォマティクス (41) RealSense (41) 統計解析 (39) 動画・映像 (37) デプスカメラ (36) DeepLearning (36) SBC (36) IoT (35) 計装 (35) 小型SBC (35) シミュレーション (33) スペクトル (33) データ解析 (31) Python (29) サイバーセキュリティ (28) 化学 (27) 次世代シーケンサー (27) AR (27) JavaScript (27) 第一原理 (26) .NET (26) LIDAR (25) 車載 (25) Metashape (25) 画像処理 (25) 画像解析・画像検査 (25) MATLAB (24) UI (24) フォトグラメトリー (23) サポート (22) プロトタイプ (22) 教育ロボット (22) 分子生物学 (22) 3Dモデル (22) Web開発・制作 (21) 計測器 (21) マテリアル (20) GIS (20) テストツール (20) ロボットハンド (19) 心理学 (19) セキュリティー (19) ROS (19) ドローン (19) 可視化 (19) モバイルロボット (19) アニメーション (19) ロボット (19) 電磁界解析 (18) ToF (18) プロトコル (18) 自律走行車 (18) 脳波 (18) プログラミング (18) 遺伝子 (17) モーションキャプチャ (17) 3Dプリンタ (17) トラッキング (17) Raspberry Pi (17) 臨床 (17) ディープラーニング (17) CAE (17) 3Dモデリング (16) チャート (16) DNA (16) 産業用 (16) 教育 (16) バイオアッセイ (16) モデリング (16) 構造解析 (16) 医薬品開発 (15) 3Dスキャン (15) 生物統計学 (15) ライブラリ (15) 動画編集 (15) 流体解析 (15) Arduino (15) 分子動力学 (15) AR/VR (15) RNA (15) 周辺機器 (14) SLAM (14) CUDA (14) 装置制御 (14) マルウェア (14) 情報発信12月号 (14) 刺激呈示 (14) 2022年7月 配信記事 (14) CFD (14) 2022年8月 配信記事 (14) 写真 (14) ナノ構造材料 (13) 監視 (13) IDE(統合開発環境) (13) 24時間稼働 (13) 測量 (13) 開発・評価キット (13) 数値解析 (13) STEM/STEAM教育 (13) 制御 (13) 無線 (13) 農業・農学 (13) 音声処理 (13) 3DCAD (13) 熱流体解析 (13) デプスセンサ (13) 自然科学 (12) 情報発信22年4月号 (12) Looking Glass (12) ゲノム解析 (12) 情報発信22年3月号 (12) FDTD法 (12) GPGPU (12) キャプチャグローブ (12) CAD (12) 遠隔操作(リモートコントロール) (12)
分野別に情報を探す – Category
  •  人文学・社会科学
  •  数物系科学
  •  化学
  •  工学
  •  医学・看護学・薬学
  •  生物学・農学
  •  情報学
 
  •  人工知能
  •  ロボティクス
  •  センサー技術
  •  開発キット・電子工作
  •  デジタルガジェット
  •  自動車・車両(vehicle)関連
  •  産業用通信技術
  •  アプリケーション開発・プログラミング
  •  ネットワーク・セキュリティ
  •  マルチメディア(映像・画像・音声)処理
  •  業務支援・効率化ツール
Translate
English English Japanese Japanese
お問い合わせフォーム – Contact
TEGAKARI へのお問い合わせはこちら
サイト内リンク
プライバシーポリシー
運営WEBサイト (サービス)
テガラ株式会社
テガラ株式会社コーポレートサイト

UNIPOS
研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス

テグシス
研究用・産業用PCの製作・販売サービス
SNSアカウント
  • Twitter
  • YouTube
  • Facebook

テガラ株式会社

テガラは、研究開発者さまに有用な製品・サービス・情報を統合的 (integrated) に提供するプラットフォームです。「研究開発を加速するお手伝い」

Copyright © 2020 | テガラ株式会社