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ホーム > 研究開発用PC 構成事例 (テグシス) > 研究用ワークステーション > ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

2023年1月31日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

お客様より、ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンをご相談いただきました。
想定されている条件は以下の通りです。

・CPU:2CPU構成が望ましい
・メモリ:64GB程度
・ストレージ:2TB以上のSSD データ保存領域にはNASを利用する
・GPU:NVIDIA RTX2060以上 予算内で最も性能の高いGPUを希望
・OS:Ubuntuインストール予定 (OSなしでの出荷を希望)
・予算:90万円程度

ご連絡いただいた内容を踏まえて、弊社からは以下の構成をご提案しました。

【主な仕様】

CPU Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) x2
メモリ 64GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA RTX A4000
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W
OS なし

構成検討においては、CPUとGPUに関する条件がポイントとなります。
ご予算を加味して検討すると、両方の条件を同時に満たすことが難しいため、本事例では2CPU構成を優先したご提案としています。
GPUの性能を重視した構成は、事例No.PC-10347Bをご覧ください。

2CPU構成のメリットは、1CPU構成と比較してコア数が多く並列処理性能が高い点と、メモリを最大で2TBまで搭載できる点です。

GPUのRTX A4000は、RTX2060と同程度のクラスですが、ビデオメモリ容量やCUDAコア数など全体的に優位性の高い製品です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・MinKNOWとは
ナノポアシーケンサー「MinION」でシーケンスを行うための専用ソフト。
MinION自体はUSBで直接PCにつなげるタイプのシーケンサーで、ある程度のマシンスペックが要求される。

参考:Laboratory and IT Requirements (Oxford Nanopore Technologies) ※外部サイトへ飛びます

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

 

 

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら
ナノポアシーケンサー解析用マシン (2CPU仕様)

※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。

  • ナノポアシーケンサー
  • バイオインフォマティクス
  • DNA

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