次世代シーケンサー解析用ワークステーション | 研究開発者向け情報発信メディア TEGAKARI

バイオインフォマティクス分野の研究に携わるお客様より、次世代シーケンサー解析を行うためのワークステーションをご相談いただきました。
解析パイプラインで使用するソフトウェアは「BWA」「GATK」「Samtools」などを予定されており、ご希望条件は以下の通りです。

・CPU：32スレッド以上
・メモリ：予算内で限界まで搭載 (将来的には1TBまで増設予定)
・ストレージ：512GB～1TBのSSD NVMeタイプ
・GPU：画面が表示できればOK
・OS：インストールなし (ubuntu 20.04を予定)

・予算：120万円程度

条件を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。

【主な仕様】

CPU	AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア)
メモリ	256GB REG ECC
ストレージ1	1TB SSD M.2
ビデオ	NVIDIA GeForce GT710
ネットワーク	on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源	タワー型筐体 + 1000W
OS	なし

CPUはRyzen ThreadripperPRO 5969WX (24コア 48スレッド) を採用しています。
ストレージはNVMeタイプの1TB SSDとしています。

メモリは256GB搭載しており、1TBまでの拡張が可能です。
ただし、出荷時点でのメモリモジュール構成は64GB x4枚であり、メモリの空きスロットが4つであることを踏まえると、増設だけで1TBを達成するのは難しい構成です。
初期状態のメモリを活かす場合は追加で64GB x4枚を増設し、512GBまで拡張可能です。
1TBまで拡張する場合には、既存の64GBモジュールを取り外し、128GBモジュール x8枚を搭載する必要があります。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

■FAQ

・BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。

参考：Burrows-Wheeler Aligner ※外部ページに飛びます

・GATKとは
GATK (Genome Analysis Toolkit) は、次世代シーケンサーから出力された塩基配列データからバリアントの解析 (遺伝子の変異解析) を行うための解析ツール群。内包するツールは、個別に使用することも連携させて使用することもできる。

参考：Genome Analysis Toolkit (Broad Institute) ※外部ページに飛びます

・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)

参考：Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます