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次世代シーケンサー解析用ワークステーション

2023年1月19日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス), テガラからのお知らせ

バイオインフォマティクス分野の研究に携わるお客様より、次世代シーケンサー解析を行うためのワークステーションをご相談いただきました。
解析パイプラインで使用するソフトウェアは「BWA」「GATK」「Samtools」などを予定されており、ご希望条件は以下の通りです。

・CPU:32スレッド以上
・メモリ:予算内で限界まで搭載 (将来的には1TBまで増設予定)
・ストレージ:512GB~1TBのSSD NVMeタイプ
・GPU:画面が表示できればOK
・OS:インストールなし (ubuntu 20.04を予定)

・予算:120万円程度

条件を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。

【主な仕様】

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア)
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ1 1TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA GeForce GT710
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS なし

CPUはRyzen ThreadripperPRO 5969WX (24コア 48スレッド) を採用しています。
ストレージはNVMeタイプの1TB SSDとしています。

メモリは256GB搭載しており、1TBまでの拡張が可能です。
ただし、出荷時点でのメモリモジュール構成は64GB x4枚であり、メモリの空きスロットが4つであることを踏まえると、増設だけで1TBを達成するのは難しい構成です。
初期状態のメモリを活かす場合は追加で64GB x4枚を増設し、512GBまで拡張可能です。
1TBまで拡張する場合には、既存の64GBモジュールを取り外し、128GBモジュール x8枚を搭載する必要があります。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

■FAQ

・BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。

参考:Burrows-Wheeler Aligner ※外部ページに飛びます

 

・GATKとは
GATK (Genome Analysis Toolkit) は、次世代シーケンサーから出力された塩基配列データからバリアントの解析 (遺伝子の変異解析) を行うための解析ツール群。内包するツールは、個別に使用することも連携させて使用することもできる。

参考:Genome Analysis Toolkit (Broad Institute) ※外部ページに飛びます

 

・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools (SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools  (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)

参考:Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます

 

 

 

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら
次世代シーケンサー解析用ワークステーション

※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。

  • バイオインフォマティクス
  • 次世代シーケンサー

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