簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を予定されているお客様より、専用マシンの導入をご相談いただきました。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析でのご利用です。
また、GPU版Guppy basecallerの利用も考えていますが、それ以外の3Dモデル処理などは予定されていません。
OSはUbuntuを想定されていますが、WSLで使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上でUbuntuを動かしたいという要望も伺っています。
その他に想定している内容は以下の通りです。
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・CPU：12コア程度の製品を想定しているが、より良い提案があれば希望する |
ご連絡いただいた条件を踏まえて、弊社からは以下の構成をご提案しました。
【主な仕様】
| CPU | AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) |
| メモリ | 64GB |
| ストレージ | 2TB SSD S-ATA |
| ビデオ | NVIDIA Geforce RTX3060 |
| ネットワーク | on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 |
| 筐体+電源 | ミドルタワー筐体 + 850W |
| OS | Ubuntu 20.04 |
仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。
参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます
OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。
また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
■FAQ・Guppyとは
・MaSuRCAとは
・ハイブリッドアセンブリとは
・WSL2とは
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