量子科学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスター (4台構成)

・CPU：動作クロック2.0GHz以上、コア総数12C/24T以上
・メモリ：128GB程度
・ストレージ：80TB以上
・OS：Rocky Linux
・その他：ラックマウント本体、ディスプレイ＆キーボード

・CPU：2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ：48GB程度
・ストレージ：500GB以上
・OS：Rocky Linux
・GPU：NVIDIA製、CUDAコア10000以上、VRAM合計48GB以上

・CPU：2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ：256GB程度
・ストレージ：500GB以上
・OS：Rocky Linux

・ノード間は10GbE LANで接続
・各ノードはサーバラックに収めたいので、ラック本体を含めて提案してほしい
・予算900万円程度
・現地での設置作業を希望する

■キーワード

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考：LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます

・GAMESSとは
GAMESS（General Atomic and Molecular Electronic Structure System）は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。

参考：GAMESS ※外部サイトに飛びます

・RadonPyとは
RadonPyは、全自動で全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を行うことができるオープンソースのPythonライブラリ。ポリマーの繰り返し単位の化学構造を入力し、力場の割り当て、初期構造の生成、エラー処理、平衡・非平衡MD計算による物性評価までの全工程を完全に自動化することができる。

参考：RadonPy ※外部サイトに飛びます

・ERmodとは
ERmod (Energy Representation Module)は、ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するためのソフトウェア。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定することができる。

参考：ERmod ※外部サイトに飛びます

・PBSとは
PBS(Portable Batch System)は、ジョブスケジューリングを行うためのソフトウェア。多くの場合UNIXクラスター環境と組み合わせて使用され、クラスター上のリソースに計算タスクを割り当てることができる。

参考：OpenPBS ※外部サイトに飛びます