生命科学分野の研究に携わるお客様より、現在使用しているバイオインフォマティクス専用ワークステーションの買い替えをご相談いただきました。
基本的なOmics解析に用いるSAMtoolsやSTAR、Hi-Cデータの可視化に用いるHiglassをスムーズに運用できることが条件で、現在使っているPCと同等かそれ以上のスペックの構成を予算80万～100万円の範囲で検討したいとのご要望です。
なお、現在は下記スペックのPCをご利用と伺っています。
| CPU | Intel Xeon E5-2640 v4 ×2(20コア/40スレッド) |
| メモリ | 256GB REG ECC |
| ビデオ | NVIDIA Quadro P620 |
| OS | Ubuntu 22.04 |
これらのご要望を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。
| CPU | Intel Xeon Gold 5418Y (2.00GHz 24コア) ×2 |
| メモリ | 256GB REG ECC |
| ストレージ | 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ビデオ | NVIDIA T1000 8GB |
| ネットワーク | on board (10GBase-T x2) |
| 筐体+電源 | ミドルタワー型筐体 + 1000W |
| OS | Ubuntu 22.04 |
ご予算内でCPUスペックを重視した構成
ご予算に合わせて、現在ご利用のマシンよりもスペックのグレードを高めた構成です。
CPUはXeon Gold 5418Yを2基搭載し、現在ご利用のマシン (20コア) の2倍以上である48コアを実現しています。
メモリ搭載量は現在のマシンと同じ256GBですが、メモリスロットの空きが8スロット分あるため、将来のメモリ増設に対応しています。
ストレージ容量は、解析用途であることを踏まえて、余裕を見た4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを選定しています。
NVMe接続の製品のため、SATA接続のHDDやSSDと比較して高速なデータの読み込み/書き込みが期待できます。
合計48コアのCPUと256GBのメモリ容量により、計算量が大きくなりやすいバイオインフォマティクス解析でも迅速な計算処理が見込めます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
■キーワード・Omics解析とは ・Hi-C法とは ・Samtoolsとは ・STARとは STAR は RNA-Seqで得られたリード(生データ)をリファレンス配列にマッピングするプログラム。Github上で公開されており、要求されるスペックは高いものの、高速なマッピング速度を有している。 ・HiGlassとは HiGlassとは大規模な Hi-C およびその他のゲノム データ セットを高速に可視化できるデータビューア。他のオミックスデータと連携させつつ、探索的データ解析ができる。 |
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