次世代シーケンス (NGS) データ解析用ワークステーション

テグシス TEGSYS 次世代シーケンス (NGS) データ解析用ワークステーション

遺伝子研究に携わるお客様より、ゲノムアセンブリ、NGSデータ解析を含めた多型解析やRNA-seq解析を扱うためのワークステーションをご相談いただきました。
事例No.PC-12218をご覧のうえ、100万円から150万円というご予算の中でメモリの拡張性を確保したいとのご希望をいただいています。

ご連絡いただいた内容を踏まえ、弊社からは下記の構成をご提案しました。

CPU Intel Xeon W7-3545 2.70GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 24C/48T
メモリ 合計256GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x8
ストレージ 4TB SSD M.2 NVMe Gen4
ストレージ2 16TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4)
ネットワーク on board (1GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源 タワー型筐体 1000W 80PLUS PLATINUM
OS Ubuntu 24.04

 

拡張性のあるメモリ構成

CPUは2025年5月時点の最新モデル「Xeon W7-3545 24コア」をご予算に合わせて採用しました。

メモリは合計256GB (32GB×8枚) を搭載しています。
空きスロットが8つありますので、同じ32GBメモリモジュールを8枚追加いただくことで「合計512GB」へ増設が可能です。
GPUは、画面描画用として「NVIDIA T400 4GB」の後継機種「RTX A400 4GB」を選択しました。

(ご参考)
VRAMの容量を重視するソフトウェア (Helixerなど) をご利用の場合は、GPUメモリを優先した構成をご提案可能です。
Helixerは、GPUに11 GB以上のVRAMが要求されております。
Helixerの公式GitHubは こちら (※外部ページに飛びます)

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
お客様のご要望に応じて柔軟にお見積もりをご提案しております。
掲載内容とは異なるご用途やご予算の場合でも、どうぞお気軽にご相談ください。

■キーワード

多型解析(Polymorphism Analysis)とは
生物個体間のDNA配列の違い (多型) を検出・解析する手法。 個体差の遺伝的要因を探るほか、系統関係や進化過程の推定に活用される。

Helixerとは
Helixerは、深層学習 (Deep Learning と隠れマルコフモデル (HMM) を組み合わせた、真核生物ゲノムの構造的アノテーション (遺伝子構造の予測) を行うオープンソースのツール。
GPUを活用することで、高速な処理が可能。

参考: weberlab-hhu_Helixer ※外部サイトに飛びます

BWAとは
BWAはヒトゲノムなどの大規模な参照ゲノムに対して、低発散配列をマッピングするためのソフトウェアパッケージ。BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの3つのアルゴリズムで構成されている。

参考: Burrows-Wheeler Aligner ※外部サイトに飛びます

GATKとは
GATK (Genome Analysis Toolkit) は、次世代シーケンサーから出力された塩基配列データからバリアントの解析 (遺伝子の変異解析) を行うための解析ツール群。内包するツールは、個別に使用することも連携させて使用することもできる。

参考: Genome Analysis Toolkit (Broad Institute) ※外部サイトに飛びます

 

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