グライコプロテオミクス解析用ワークステーション (おすすめ構成)

細胞分子工学の研究に携わるお客様より、ワークステーション導入をご相談いただきました。

グライコプロテオミクス解析を数千検体レベルで実施するため、複数の解析ソフト (MSFragger-glyco、Byonic、Glyco-Decipher、pGlyco3、Mascotなど) を並列実行できる高性能なワークステーションをお求めです。
1つの LC-MS データを複数のソフトウェアで同時に解析する運用を想定されており、最低限の構成とおすすめ構成の2案での提案をご希望です。

お客様のご要望を踏まえて、想定のソフトウェアでの解析のために必要な、最低限のスペックを満たした構成 (エントリー構成) と推奨スペックの構成 (おすすめ構成) をご提案しました。
本事例では、推奨スペックを満たしたおすすめ構成をご紹介します。

CPU	Intel Xeon 6787P 2.00GHz(TB 3.80GHz) 86C/172T x 2基構成
メモリ	合計1TB DDR5 5600 REG ECC 64GB x 16
ストレージ	4TB SSD M.2 NVMe Gen5
ビデオ	NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4)
ネットワーク	on board (10GbE x2)
筐体+電源	タワー型筐体　1500W 80PLUS PLATINUM
OS	Microsoft Windows 11 Professional 64bit

CPUとメモリの強化による並列処理性能の最大化

お客様が使用予定の各ソフトウェアに対して、以下のスペックが必要および推奨される要件です。

コア数：16～32コア
メモリ：16～128GB
マルチコア性能：並列処理に対応可能
GPU：アクセラレーターなし（機械学習処理は対応）
OS：Windows環境

Intel Xeon 6787P（86コア×2基）と1TBの大容量メモリを搭載し、PC-TS2J253515構成（48コア×2基、512GBメモリ）と比較して、コア数・メモリ容量ともに約2倍に強化しています 。
これにより、1ソフトあたり32コア・200GBメモリの割り当てが可能となり、5本の解析ソフトを同時に最大性能で稼働させることができます。
特に、Byonicなどの高負荷ソフトを複数同時に動作させる場合でも、処理待ちやスワップの発生を抑え、解析効率を大幅に向上させます。

ストレージと拡張性について

ストレージには4TBのM.2 NVMe Gen5 SSDを採用し、大容量の解析データも高速に読み書き可能です。
PCIeスロットやM.2スロットも複数備えており、将来的なGPU追加やストレージ拡張にも柔軟に対応できます。

GPUの選定と用途のバランス

GPUにはNVIDIA RTX A400を搭載していますが、今回の用途ではGPU負荷は限定的であるため、コストバランスを考慮した選定となっています。
機械学習や画像処理などGPU依存の処理が増える場合には、RTX 5090などへのアップグレードも可能です。

事例No.PC-TS2J253515との違いについて

PC-TS2J253515構成は、1ソフトあたり16コア・100GBメモリの割り当てを想定した「最小限のエントリー構成」であり、並列処理の安定性とコストバランスを重視した設計です。
一方、PC-TS2J253516構成は、より大規模な解析や高負荷処理を想定し、最大限の性能を引き出すための「拡張性重視の構成」となっています。
処理速度そのものは大きく変わらないものの、同時に扱えるデータ量と解析規模において明確な差があり、将来的な研究展開を見据えた選択肢として位置づけられます。

使用したいソフトウェアや今後の方針に応じて、柔軟なカスタマイズに対応しております。初期相談からカスタマイズまで、お気軽にお問い合わせください。

キーワード ・Byonicとは Byonicは、質量分析 (MS/MS) データからペプチドやタンパク質を高感度かつ正確に同定できるソフトウェア。修飾検索・未知修飾探索・グリコペプチド解析など多様な機能を備え、様々なフラグメントタイプや装置に対応。 参考：Byonic – Full MS/MS Search Engine for Peptide and Protein Identification by Mass Spectometry ・MSFragger suiteとは MSFragger suiteは、超高速なフラグメントイオンインデックス法に基づく質量分析用ペプチド同定ツール群。標準的なプロテオーム解析から修飾ペプチド、グリコペプチド、DIAデータにも対応し、FragPipeなどの統合GUIで使用することができる。幅広いデータ形式に対応し、迅速かつ高感度な解析が可能。 参考：MSFragger | Ultrafast, comprehensive peptide identification for mass spectrometry–based proteomics ・Glyco-Decipherとは Glyco-Decipherは、LC-MS/MSデータからN-型グリコペプチドの高感度な同定とサイト特異的N-グリコシル化の詳細な解析を行う無償のソフトウェア。糖鎖データベースに依存しないペプチドマッチングと断片化パターン解析により、未知修飾糖鎖やデータベース未収載のN-グリカンも検出可能。GUI操作で可視化や定量解析も容易に行うことができる。 参考：GitHub – DICP-1809/Glyco-Decipher: A software tool for the sensitive interpretation of LC-MS/MS spectra of intact N-glycopeptides with the discovery of unusual modified glycans. ・pGlyco3とは pGlyco3は、質量分析データからN型およびO型グリコペプチド (糖鎖修飾ペプチド) を高精度かつ迅速に同定・解析できる無償のソフトウェア。未知修飾や変異グリカンにも対応し、グリコペプチド解析に特化した強力な検索エンジンとして広く利用されている。 参考：GitHub – pFindStudio/pGlyco3 ・Mascotとは Mascotは、質量分析 (MS/MS) データからタンパク質やペプチドを高精度かつ迅速に同定するためのソフトウェア。ペプチドマスフィンガープリントやMS/MSイオンサーチ、シーケンスクエリなど複数の検索方式に対応し、多様な装置やデータベースに適合。確率的スコアリングアルゴリズムを採用し、統計的有意性やFDRによる同定信頼性も明示される。 参考：Mascot search engine | Protein identification software for mass spec data

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