MinION Mk1D用ワークステーション

バイオインフォマティクス研究に携わるお客様より、Oxford Nanopore Technologies社のMinION Mk1Dを用いたナノポアシーケンシング解析に向けたPC導入のご相談をいただきました。
解析内容は未定ですが、予算申請用の概算見積もり取得を目的とされています。

CPU	Intel Core Ultra 7 265K 3.90GHz (8C/8T) +3.30GHz (12C/12T)
メモリ	合計64GB DDR5 6400 32GB x 2
ストレージ	2TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ	NVIDIA GeForce RTX5090 32GB
ネットワーク	2.5Gbｘ1，Wi-Fi 7
筐体+電源	ミドルタワー筐体　1500W 80PLUS PLATINUM
OS	Ubuntu 24.04

4MinION Mk1Dに最適化した構成

MinION Mk1Dの公式要件に準拠し、USB Type-C接続やUbuntu 24.04対応など、シーケンシング環境に必要な条件を満たす構成としました。
Thunderbolt4やUSB 10Gbpsなどの高速I/Oに対応し、外部デバイスとの接続性も確保しています。
MinKNOWによるリアルタイム制御やデータストリーミングにも対応できるよう、CPU・メモリ・ストレージを強化しています。

参考：MinION Mk1D IT requirements | Oxford Nanopore Technologies

CPUとメモリについて

CPUには20コア構成のIntel Core Ultra 7 265Kを採用しており、解析処理やデータ転送などの高負荷な作業にも十分対応できます。
メモリは64GBを搭載。MinKNOWの推奨要件である32GBを上回るメモリ容量を確保することで、解析処理の安定性を確保しています。

GPUの選定について

NVIDIA GeForce RTX 5090 (32GB) を搭載し、将来的な機械学習やベースコーリング処理にも対応可能な高性能GPUを選定しました。

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各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。

キーワード ・MinION Mk1Dとは MinION Mk1Dは、Oxford Nanopore Technologies社が提供するポータブルなDNA/RNAシーケンサー。リアルタイムで長鎖リードの取得が可能で、ゲノム解析、メタゲノム解析、トランスクリプトーム解析など幅広い分野に対応。USB接続で動作し、フィールドワークやラボでの迅速な遺伝子解析に最適。ナノポア技術により、従来のシーケンサーでは困難だった構造変異やエピジェネティクス解析にも対応可能。 参考：MinION Mk1D – Oxford Nanopore Technologies ・MinKNOWとは MinKNOWは、Oxford Nanopore Technologies社のDNA/RNAシーケンサーを制御・解析するための公式ソフトウェア。 サンプルのロードからリアルタイムのデータ取得、品質評価、基本的な解析までを一括して行えるため、生命科学や微生物学、がん研究など幅広い分野の大学や企業の研究者に活用されている。シーケンスの進行状況をリアルタイムで可視化しながら実験条件を柔軟に調整できる点が大きな特徴。 参考：MinION Mk1D – Oxford Nanopore Technologies

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