シングルセルRNA-seq解析に取り組むお客様より、PC-11781を参考にした環境構築のご相談をいただきました。
Cell Rangerをローカルで実行できるワークステーション導入をご検討中で、解析規模は3万細胞×20サンプルを同時または順次処理する想定です。
R/RStudioやSeuratなどの下流解析も快適に動作する構成を希望されており、予算は200万円以内、ストレージはシステム用・データ用・バックアップ用をそれぞれ確保する方針です。
| CPU | Intel Xeon Gold 6530 2.10GHz(TB 4.00GHz) 32C/64T ×2基構成 |
| メモリ | 合計256GB DDR5 5600 REG ECC 16GB x 16 |
| ストレージ1 | 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ストレージ2 | 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ビデオ | NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4) |
| ネットワーク | on board (10GBase-T x2) |
| 筐体+電源 | タワー型筐体＋1500W 80PLUS PLATINUM |
| OS | Microsoft Windows 11 Professional 64bit |
| ストレージ3 | 外付けHDD 1ドライブモデル 12TB (RAIDなし) |
| ストレージ4 | 10TB HDD S-ATA (ライフサイエンスキャンペーン) |
| その他 | ライフサイエンスキャンペーン ストレージサービス |
CPUについて
Cell Rangerの並列処理性能を最大限に活かすため、32コア構成のXeon Gold 6530を2基搭載し、合計64コアの2CPUマシンとしました。
メモリ構成について
本構成では16GBメモリを16枚搭載し、各CPUのメモリチャンネルをすべて活用する設計としています。
総メモリ容量は256GBで、Cell Rangerの推奨要件を満たしています。
加えて、ご要望のRやSeuratなどの下流解析も快適にご利用いただけます。
ただし、解析規模や内容によっては、より大容量のメモリが推奨される場合があります。
今回の構成ではスロットがすべて埋まっているため、増設する際は容量の大きいモジュールへ交換が必要です。
ストレージについて
システム用に2TB M.2、解析で扱うデータの保存用に4TB M.2、バックアップ用途として外付け12TB HDDを追加し、データ保護を強化。
将来的なデータ増加に備え、NASや追加ストレージのご提案も可能です。
さらに今回は、ライフサイエンス研究者様応援キャンペーンのご利用で、10TB HDD を無償で1枚追加しております。
大規模なシングルセル解析では、サンプル数やデータ量が急速に増加します。
本キャンペーンは、追加費用なしでストレージを確保できる絶好の機会です。
キャンペーンの詳細は以下のリンクから
GPUについて
今回は、機械学習やGPUアクセラレータを考慮しないため、画面描画用としてエントリークラスの RTX A400 を採用しました。
このような分野で活躍されている方へ
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テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
キーワードCell Rangerとは Cell Rangerは、10x GenomicsのChromiumプラットフォームで得られる単一細胞RNAシーケンスデータを、一括で解析できるソフトです。 |
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