分子動力学計算向けワークステーション


AMD EPYC 9634とECCメモリを256GB搭載した、大規模並列計算に対応するワークステーション構成のご相談をいただきました。
パーツの入手性にも配慮しつつ、分子動力学計算を主目的とした構成選定を希望されています。

CPU AMD EPYC 9655 2.60GHz 96C/192T
メモリ 合計256GB DDR5 6400 REG ECC 32GB x 8
ストレージ 1TB SSD M.2 NVMe Gen5
ビデオ NVIDIA RTX PRO2000 16GB (MiniDisplayPort x4)
ネットワーク on board (10GBase-T x2)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 1000W 80PLUS PLATINUM
OS Ubuntu 24.04

分子動力学計算はCPU性能とメモリ帯域の影響が大きいため、処理負荷に対して安定した計算を行える構成を中心に検討しました。
お客さまの希望スペックを確認したうえで、現行世代の入手性や長期運用を考慮し、同等クラスのパーツを組み合わせたワークステーションをご提案しています。

CPUについて

ご相談時点ではEPYC 9634の入手性が芳しくなかったため、現行世代のCPUから計算効率と入手性のバランスを踏まえ、AMD EPYC 9655 (96コア) を選定しました。
マルチスレッド処理が中心となる分子動力学計算において、安定した処理性能を発揮します。

メモリ構成

32GB×8枚構成で256GBのDDR5メモリを搭載し、CPUアーキテクチャに合わせたメモリ帯域を確保しました。
大規模系の計算や長時間のジョブでも動作が安定し、研究用途で必要とされる実行環境を満たしています。

GPUの役割と選定理由

主計算をCPU側で実施する構成であるため、GPUは描画用途を目的としたRTX PRO2000 (16GB) を採用しました。
研究環境で必要とされる安定したモニタ出力に対応します。

納期への配慮

ご希望の年度末までに納入可能なよう、入手性が安定しているパーツを中心に構成を最適化しました。

パーツの供給状況は時期により変動するため、納期を確実にしたい場合は、お早めにご相談ください

このような分野で活躍されている方へ

  • 計算化学
  • 材料科学

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

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