LAMMPS用ワークステーション：予算150万円構成 (2026年2月版) | 研究開発者向け情報発信メディア TEGAKARI

お客様より、LAMMPSでの分子動力学計算と機械学習ポテンシャルを用いた計算のためのワークステーションをご相談いただきました。
ご予算150万円程度での見積もりをご希望で、将来的にGAMESSなどCPU負荷の高いアプリも利用する想定があるため、バランスの良い計算機構成をご要望です。

ご連絡いただいた条件を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。

CPU	Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時最大4.8GHz) 18C/36T
メモリ	合計128GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 4
ストレージ1	2TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ	NVIDIA RTX PRO4000 24GB(DisplayPort x4)
ネットワーク	on board (2.5GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源	ミドルタワー 1500W 80PLUS PLATINUM
OS	Microsoft Windows 11 Professional 64bit

本構成では、GPUを活かした LAMMPS 計算と、CPU負荷が大きい化学計算のどちらにも対応できる「万能型ワークステーション」を目指しました。まずは 1GPU 構成で研究を開始し、必要に応じてGPUを追加できる拡張性も備えています。

GPU構成

LAMMPS の GPU高速化と機械学習処理を両立するため、24GBメモリを搭載したNVIDIA RTX PRO 4000を採用しました。単精度演算性能とGPUメモリ容量のバランスが良く、安定した計算環境を構築できます。

筐体自体が複数GPU構成に対応しているため、将来的な GPU 増設も柔軟に行えます。

CPU構成

CPUにはXeon W5-2565X (18コア) を搭載し、LAMMPSのCPU並列処理やGAMESSなどの量子化学計算に十分対応できるコア数を確保しました。GPU負荷型・CPU負荷型いずれの計算にも対応できるため、研究用途の幅を広げる構成となっています。

メモリ・ストレージ構成

メモリ：128GB (DDR5 ECC)
大規模系の分子動力学計算にも対応できる容量を確保しています。
ストレージ：2TB NVMe SSD
解析データの高速な読み書きを実現し、日常的な計算・可視化作業の効率を向上させます。

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

キーワード

・LAMMPSとは

LAMMPS は大規模な原子・分子系を扱えるオープンソースの分子動力学シミュレーションソフトです。
材料科学、ナノテクノロジー、ソフトマター分野の大学・企業研究者に利用され、並列計算やGPU対応により超大規模系の解析が可能です。力場やモデルの自由度が高く、独自手法の実装や先端的な材料研究に適している点が大きな強みです。

参考：LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます

・GAMESS (US) とは

GAMESS (US) は、アイオワ州立大学のMark Gordon教授らが開発した第一原理量子化学パッケージ。Hartree-Fock法や密度汎関数法 (DFT) などの計算手法をサポートし、電子相関補正や励起状態計算など高度な機能を備えている。また、フラグメント分子軌道法 (FMO) や溶媒効果を含む計算も可能で、幅広い分子物性解析に対応。