NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン | 研究開発者向け情報発信メディア TEGAKARI

簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を予定されているお客様より、専用マシンの導入をご相談いただきました。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析でのご利用です。
また、GPU版Guppy basecallerの利用も考えていますが、それ以外の3Dモデル処理などは予定されていません。

OSはUbuntuを想定されていますが、WSLで使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上でUbuntuを動かしたいという要望も伺っています。

その他に想定している内容は以下の通りです。

・CPU：12コア程度の製品を想定しているが、より良い提案があれば希望する
・ストレージ：SSDを希望する
・予算：50万円程度
・MaSuRCAのダウンロードページでは、ハードウェア要件として「Bacteria (up to 10Mb): 16GB RAM, 8+ cores, 10GB disk space」の記載があるため、30MbであればPC-10596程度のスペックで動作するのではないかと考えている

ご連絡いただいた条件を踏まえて、弊社からは以下の構成をご提案しました。

【主な仕様】

CPU	AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア)
メモリ	64GB
ストレージ	2TB SSD S-ATA
ビデオ	NVIDIA Geforce RTX3060
ネットワーク	on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源	ミドルタワー筐体 + 850W
OS	Ubuntu 20.04

仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。

参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。

また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

■FAQ

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

参考：GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます

・MaSuRCAとは
MaSuRCAは、高品質なペアエンド読み込みと長いリードのハイブリッドアセンブリに特化したゲノムアセンブリのためのソフトウェア。異なる読み込みタイプのデータを組み合わせてア、高速で正確なアセンブリを生成できる。

参考：alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます

・ハイブリッドアセンブリとは
ハイブリッドアセンブリとは、異なる読み込みタイプのデータを組み合わせて行うゲノムアセンブリの手法。短いペアエンド読み込みと長いリードの両方を使用することで、アセンブリの精度と連続性を向上させることができる。

・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。

参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】