GROMACS・LAMMPS用ワークステーション

分子シミュレーション研究を進められているお客様より、GROMACSおよびLAMMPSの利用を前提としたワークステーション導入のご相談をいただきました。
Linux OS環境で、GPU2枚構成とIPMI機能付きのハードウェアをご希望で、設置支援や導入後の保守対応も含めた構築を検討されています。
社内PCとの連携に向けて、SSH接続やIPアドレス設定などネットワークの構成についても、接続について相談されたい意向です。

CPU Intel Xeon W5-2565X 3.20GHz (TB3.0時 最大4.8GHz) 18C/36T
メモリ 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 4
ストレージ 2TB SSD M.2 NVMe Gen5
ビデオ NVIDIA RTX PRO4000 24GB
ネットワーク on board (1GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 1500W 80PLUS PLATINUM
OS Ubuntu 24.04
その他 5年センドバック保証
TEGARA LAMMPSセットアップ
TEGARA GROMACSセットアップ

CPUとメモリ構成について

Xeon W5-2565X (18コア) を採用し、GROMACSやLAMMPSなどの並列計算に対応できる計算性能を確保しました。

メモリは128GB (32GB×4枚) を搭載し、将来的には256GBまでの増設が可能な構成です。
これにより、大規模な分子動力学シミュレーションにも対応できます。

GPUの選定について

当初ご希望いただいたRTX 4000 Adaは終息していたため、現行製品であるRTX PRO 4000 (Blackwell世代) を2枚搭載する構成に変更しました。
どちらのGPUもPCI-E x16レーン接続に対応しており、計算処理の高速化と安定性を両立しています。

IPMI機能とネットワーク構成について

IPMIポートはマザーボードの1GbEポートと共有されており、接続によりリモート管理が可能です。
ただし、この1GbEポートをIPMIとして使う場合、LANポートとして使えるのが1つ (10GbE)だけになります。
ポート数を増やす必要がある場合は、ネットワークカードの追加での対応となります。
ネットワークカードを追加する場合、3枚目のGPUは搭載することができませんので、GPUの増設予定がある場合にはご注意ください。

なお、IPアドレス設定やSSH接続など、社内PCとの連携に関するサポートも提供可能です。
納品前の設定作業または現地での対応を選択いただけます。
(本案件ではご要望はありましたが、最終的に設置支援は実施されておりません。)

セキュリティと筐体について

お客様へのヒアリングの過程で、鍵付きラックなど物理的なセキュリティについてもご相談いただきました。
ワークステーションやサーバー本体の他、サーバーラック (18U) や底板オプションを含めたご提案も承っています。
ご希望のラックタイプに合わせた選定はもちろん、セキュリティロックケーブル用スロット付きケースの選定も可能です。

このような分野で活躍されている方へ

  • 計算科学
  • 分子動力学
  • 材料科学
  • バイオインフォマティクス
  • 理論物理学

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

キーワード

・GROMACSとは
GROMACSは、数十万~数百万原子規模の分子動力学シミュレーションを高速に実行できるオープンソースソフトウェア。GPUやマルチコアCPUを活用した高度な並列計算に対応し、大規模かつ長時間の解析も効率的に行うことができる。また、AMBERやCHARMMなど多様な力場をサポートし、幅広い分子系に柔軟に対応可能。

参考:GROMACS Official Website※外部サイトに飛びます

・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。

参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator※外部サイトに飛びます

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