TEGAKARI
  • ホーム
  • 海外製品 新着情報 (ユニポス)
  • 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)
  • 研究開発者向けサービス情報
    • レンタルサービス tegakari
  • 技術情報記事
  • バージョンアップ情報
  • テガラからのお知らせ
  • お問い合わせ
ピックアップ新着記事
  • [ 2025年5月15日 ] 次世代シーケンス (NGS) データ解析用ワークステーション 研究用ワークステーション
  • [ 2025年4月22日 ] バイオインフォマティクス用ワークステーション 研究用ワークステーション
  • [ 2025年4月22日 ] 結晶構造解析ソフトウェアスイート「CCP4」向けマシン (2025年4月版) 研究用ワークステーション
  • [ 2025年4月22日 ] GAMESS(US)用ワークステーション 研究用ワークステーション
  • [ 2025年3月28日 ] 特典!ご購入後のサポート付 : 新年度バイオ系ソフトウェアキャンペーン 今、注目のトピックス

ホーム > 研究開発用PC 構成事例 (テグシス) > ナノポアシーケンサー解析用マシン (2023年05月版)

ナノポアシーケンサー解析用マシン (2023年05月版)

2023年5月25日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 医学・看護学・薬学, 生物学・農学, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

事例No.PC-10347Bをご覧になったお客様より、同様の用途でのPC検討をご相談いただきました。
ナノポアシーケンサー解析の他、DeepLearningを用いたソフトウェア「DeepVariant」を利用する予定があり、以下のような構成をご希望です。

・CPU:AMD Threadripper
・メモリ:128GB
・ストレージ;SSD (NVMeは必須ではない)
・GPU:RTX4090

・使用するソフトウェア:Guppy、Dorado、DeepVariant

ご連絡いただいた条件を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。

【主な仕様】

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 2TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W
OS Ubuntu 20.04

CPUにThreadripperを採用した構成にてお見積もりしました。
ご提案のタイミングでは、従来のThreadripperシリーズが終息していましたので、Threadripper Proを搭載した構成としています。
CPUのコストは大きくなりますが、CPU性能が高くオールラウンドにお使いいただけます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

■FAQ

・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。

 

・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。

 

・Doradoとは
Doradoはナノポアシーケンシングで生成されたRNAシークエンスデータのアセンブルとアノテーションを行うために使用される遺伝子解析ソフトウェア。本事例公開時点ではα版でのリリースであり、完全版ではない。
RNAシークエンスデータを用いて高品質な塩基配列のアセンブルを行い、正確な転写産物の同定とアノテーションを行うことができるため、ナノポアシーケンシングにおける問題である短いリード長と高いエラー率への最適化が行われていると言える。

参考:nanoporetech / dorado ※外部サイトへ飛びます

 

・DeepVariantとは
DeepVariantはDeepLearningを活用して高品質なゲノム変異検出を行うゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のために畳み込みニューラルネットワークを使用して,DNAの塩基の変異を検出する。
オープンソースで提供されており,ゲノム研究や医療分野,遺伝カウンセリングなど様々な分野で活用されている。

参考:google / deepvariant ※外部サイトへ飛びます

 

 

■ このPC事例に関する詳細、お問い合わせはこちら
ナノポアシーケンサー解析用マシン (2023.05月版)

※事例の名称またはご希望の条件などをご記入ください。

  • NGS
  • ナノポアシーケンサー

この記事を読んだ方はこんな記事も読んでいます

医学・看護学・薬学

NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン

2023年3月23日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 医学・看護学・薬学, 生物学・農学, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を予定されているお客様より、専用マシンの導入をご相談いただきました。 具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度 […続きを見る]

研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

ナノポアシーケンサー解析用マシン (GPU性能優先)

2023年1月31日 テガラ株式会社 研究用ワークステーション, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

お客様より、ナノポアシーケンサーによる長鎖のDNA解析を行うためのマシンをご相談いただきました。 想定されている条件は以下の通りです。 ・CPU:2CPU構成が […続きを見る]

研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

メタゲノム解析用マシン

2022年7月26日 テガラ株式会社 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

事例No.PC-7673Aをご覧になったお客様より、メタゲノム解析用マシンをご相談いただきました。 隠れマルコフモデルを使用したバイオシーケンス分析を行うソフト […続きを見る]

サイト内検索:

テガラ株式会社 YouTube動画

【IR Pass Filter の効果】RealSense D435 と D435f でホワイトボードを撮影

最新の投稿動画を表示しています。
この他の動画はテガラ株式会社 Youtubeチャンネルをご覧ください

人気の記事 (過去7日間のアクセスランキング)

  • 【リリース情報】リモートアクセス RealVNC VNC Connect | ライセンス形態変更のお知らせ 2023年6月29日
  • ライフサイエンス分野向けのイラストツール「BioRender」 2021年9月30日
  • プロジェクションマッピングソフトウェア「MadMapper」の 最新バージョン 5 が正式リリースされました 2021年12月23日
  • 【製品紹介】Leap Motion Controller 2 – 手や指の動きを認識するハンドトラッキングカメラ 2023年6月9日
  • VisualSVN Server 【製品紹介】VisualSVN Server | Windows用 Subversion サーバー ソフト 2023年10月23日

最新投稿記事

  • テグシス TEGSYS 次世代シーケンス (NGS) データ解析用ワークステーション
    次世代シーケンス (NGS) データ解析用ワークステーション
    2025年5月15日
  • バイオインフォマティクス用ワークステーション
    2025年4月22日
  • 結晶構造解析ソフトウェアスイート「CCP4」向けマシン (2025年4月版)
    2025年4月22日
  • GAMESS(US)用ワークステーション
    2025年4月22日
  • 特典!ご購入後のサポート付 : 新年度バイオ系ソフトウェアキャンペーン
    2025年3月28日

注目のタグ

解析ツール (56) 3Dカメラ (55) 機械学習(マシンラーニング) (53) AI (47) ロボティクス (45) VR (44) ロボットアーム (42) RealSense (41) バイオインフォマティクス (39) 統計解析 (39) 動画・映像 (37) デプスカメラ (36) DeepLearning (36) SBC (36) 小型SBC (35) IoT (35) 計装 (35) シミュレーション (33) スペクトル (33) データ解析 (31) Python (29) サイバーセキュリティ (28) 化学 (27) JavaScript (27) 次世代シーケンサー (27) AR (27) 第一原理 (26) .NET (26) Metashape (25) 画像処理 (25) LIDAR (25) 車載 (25) UI (24) MATLAB (24) フォトグラメトリー (23) 3Dモデル (22) 教育ロボット (22) プロトタイプ (22) 画像解析・画像検査 (22) サポート (22) 分子生物学 (22) Web開発・制作 (21) 計測器 (21) マテリアル (20) テストツール (20) GIS (20) アニメーション (19) 心理学 (19) ロボットハンド (19) セキュリティー (19) ロボット (19) 可視化 (19) モバイルロボット (19) ROS (19) ドローン (19) プログラミング (18) 脳波 (18) ToF (18) プロトコル (18) 自律走行車 (18) 電磁界解析 (18) 遺伝子 (17) モーションキャプチャ (17) CAE (17) トラッキング (17) ディープラーニング (17) 臨床 (17) Raspberry Pi (17) 3Dプリンタ (17) チャート (16) 構造解析 (16) 教育 (16) 産業用 (16) DNA (16) バイオアッセイ (16) 3Dモデリング (16) モデリング (16) ライブラリ (15) 流体解析 (15) Arduino (15) 医薬品開発 (15) 分子動力学 (15) 生物統計学 (15) 動画編集 (15) AR/VR (15) 3Dスキャン (15) 写真 (14) 2022年8月 配信記事 (14) CUDA (14) CFD (14) 装置制御 (14) 2022年7月 配信記事 (14) 刺激呈示 (14) マルウェア (14) 周辺機器 (14) 情報発信12月号 (14) SLAM (14) 24時間稼働 (13) 制御 (13) 3DCAD (13) 測量 (13) 監視 (13) デプスセンサ (13) 数値解析 (13) 熱流体解析 (13) IDE(統合開発環境) (13) STEM/STEAM教育 (13) 開発・評価キット (13) 音声処理 (13) 農業・農学 (13) 無線 (13) ナノ構造材料 (13) ゲノム解析 (12) GPGPU (12) 遠隔操作(リモートコントロール) (12) CAD (12) 自然科学 (12) 情報発信22年4月号 (12) 情報発信22年3月号 (12) Looking Glass (12) FDTD法 (12) キャプチャグローブ (12)
分野別に情報を探す – Category
  •  人文学・社会科学
  •  数物系科学
  •  化学
  •  工学
  •  医学・看護学・薬学
  •  生物学・農学
  •  情報学
 
  •  人工知能
  •  ロボティクス
  •  センサー技術
  •  開発キット・電子工作
  •  デジタルガジェット
  •  自動車・車両(vehicle)関連
  •  産業用通信技術
  •  アプリケーション開発・プログラミング
  •  ネットワーク・セキュリティ
  •  マルチメディア(映像・画像・音声)処理
  •  業務支援・効率化ツール
Translate
English English Japanese Japanese
お問い合わせフォーム – Contact
TEGAKARI へのお問い合わせはこちら
サイト内リンク
プライバシーポリシー
運営WEBサイト (サービス)
テガラ株式会社
テガラ株式会社コーポレートサイト

UNIPOS
研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス

テグシス
研究用・産業用PCの製作・販売サービス
SNSアカウント
  • Twitter
  • YouTube
  • Facebook

テガラ株式会社

テガラは、研究開発者さまに有用な製品・サービス・情報を統合的 (integrated) に提供するプラットフォームです。「研究開発を加速するお手伝い」

Copyright © 2020 | テガラ株式会社