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分子構造解析用ワークステーション

2025年10月29日 テガラ株式会社 数物系科学, 化学, 医学・看護学・薬学, 生物学・農学, 研究開発用PC 構成事例 (テグシス)

Amber や R を用いた分子構造解析用の計算環境の整備を検討しているとご相談をいただきました。
Xeon Gold 5512U 搭載、DDR5-5600 DDR5 ECC メモリの16GB×4枚、480GB SSD×2、Ubuntu 22.04 LTS を基本構成とし、ラック設置および 3 年保証付きでの見積もりをご希望されています。
将来的にSSDを追加してRAID を組めるように、RAID カードの搭載も要件に含まれています。

CPU Intel Xeon 6731P 2.50GHz (TB最大4.10GHz) 32C/64T
メモリ 合計64GB DDR5 6400 REG ECC 16GB x 4
ストレージ 480GB SSD S-ATA x2
ビデオ on Board (VGA x1)
ネットワーク on board (1GbEx1,10GbEx1)
筐体+電源 2Uラックマウントシャーシ + 1200W リダンダント電源
OS Ubuntu 22.04
その他 3年センドバック保証
ラックマウント用 スライドレール
SAS/SATA対応 RAIDカード
現地設置 (開梱・ラッキング・ケーブリング・起動確認)

CPUについて

お客様の用途に合わせ、最新の第6世代Xeonプロセッサ「Intel Xeon 6731P (32コア/64スレッド) 」を採用しました。
高い並列処理性能により、AmberやRなどの分子解析・統計解析ソフトで、高い処理性能を発揮します。

メモリ構成について

DDR5-6400 REG ECCメモリを64GB (16GB×4) 搭載しています。
高速かつ信頼性の高いメモリにより、解析処理の安定性を確保しています。

ストレージとRAID構成について

480GB SSD (SATA) を2枚搭載し、RAIDカードを実装しています。
初期出荷状態では「RAID構成なし」としていますが、将来的なRAID構築が可能な構成です。

拡張性と筐体サイズについて

筐体前面・後面のベイからストレージを交換・増設できる2Uラックマウント筐体を採用しました。
将来的なストレージ増設にも対応できる拡張性を備えています。

OSと保証について

Ubuntu 22.04 LTSをプリインストールし、3年間のセンドバック保証を付帯。
現地設置 (開梱・ラック設置・起動確認) を含めたご提案ですので、導入後すぐに運用可能です。

このような分野で活躍されている方へ

  • 分子動力学
  • 統計解析
  • バイオインフォマティクス
  • 医学
  • 生物学

テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

キーワード

・Amberとは
Amberは、分子動力学(MD)シミュレーションを高精度かつ高速に実行できる計算化学ソフトウェアです。
GPUアクセラレーションに対応しており、大規模な生体分子系の長時間シミュレーションを効率的に実行できます。タンパク質、核酸、脂質などの構造解析や自由エネルギー計算に広く利用されており、CUDA対応GPUによる並列計算によって、従来のCPUベース計算に比べて劇的な高速化を実現しています。

参考:Amber GPU Performance Benchmarks – ambermd.org

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分子構造解析用ワークステーション

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