バイオインフォマティクスに携わるお客さまより、個人研究者向けのNGS解析用ワークステーションのご相談をいただきました。
OS は Ubuntu、使用予定ソフトは GROMACS、Spades、Unicyclerで、年に数回のMD計算にも対応できる構成を希望されています。
予算は100万円程度で、メモリやストレージの拡張性を重視し、将来的なGPU増設にも対応可能な設計を求められています。
| CPU | Intel Xeon 6505P 2.20GHz (TB3.0時 最大4.10GHz) 12C/24T x2基構成 |
| メモリ | 合計128GB DDR5 5600 REG ECC 16GB x 8 |
| ストレージ1 | 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ストレージ2 | 4TB HDD S-ATA（ライフサイエンスキャンペーン特典1） |
| ビデオ | on Board（VGA x1） |
| ネットワーク | on board (10GbE x2) |
| 筐体+電源 | ミドルタワー型筐体＋1500W 80PLUS PLATINUM |
| OS | Ubuntu 24.04 |
本構成は、現在実施中の「ライフサイエンス研究開発向け特別キャンペーン」の特典（内蔵HDD 4TBストレージサービス）を適用した事例です。
ライフサイエンス研究開発向け特別キャンペーンの詳細はこちら
CPUについて
SPAdesやGROMACSのマルチスレッド性能を最大限活かすため、予算内でできるだけ多くのコアを確保しました。
Xeon 6505P (12コア)を2基採用し、合計24コア構成とすることで、並列処理に強い環境を実現しています。
メモリについて
メモリは128GB（16GB×8枚）を実装。
空きスロットを利用して増設すれば最大256GB、上位規格のメモリに換装すれば更に容量を増やす事も可能です。
ストレージ構成
高速アクセスのため4TBのM.2 SSDを組み込み、さらに大容量データ保存用に4TB HDDも追加しています。
GPUの選定と拡張性
現時点ではCPU解析を前提にオンボードGPU構成ですが、将来的なGROMACS用GPU増設に対応できる筐体を採用。
電源容量にも余裕を持たせ、アップグレードに柔軟に対応可能です。
このような分野で活躍されている方へ
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テガラのオーダーメイドPC製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
キーワードSPAdesとは SPAdesは、微生物やトランスクリプトーム解析向けのオープンソースアセンブラーです。 Unicyclerとは Unicyclerは、ショートリードとロングリードを組み合わせて細菌ゲノムやプラスミドの高精度アセンブリを実現するハイブリッドアセンブラーです。 GROMACSとは GROMACSは、数十万～数百万原子規模の分子動力学シミュレーションを高速に実行できるオープンソースソフトウェアです。 |
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