ゲノムデータを扱う研究者のお客様より、ゲノム解析向けワークステーション導入のご相談をいただきました。
主な作業として、1万人規模の全ゲノムデータの解析 (VCF形式でRFMIX2やVCFtools、PLINK2などを利用) や、RNA-seq データのリファレンスゲノムへのマッピング・データ間比較解析を想定されています。
CPU 32 コア以上、メモリ 256〜512GB、4TB SSD を基準に、予算 100〜150 万円の範囲で最適な構成をご希望です。
ご相談の内容を踏まえて、弊社からは下記の構成をご提案しました。
| CPU | Intel Xeon 6517P 3.20GHz(TB 4.20GHz) 16C/32T ×2基構成 |
| メモリ | 合計512GB DDR5 5600 REG ECC 32GB x 16 |
| ストレージ | 4TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ビデオ | NVIDIA RTX A400 4GB (MiniDisplayPort x4) |
| ネットワーク | on board (10GbE x2) |
| 筐体+電源 | タワー型筐体＋1000W 80PLUS PLATINUM |
| OS | Ubuntu 24.04 |
| 保証 | HDD返却不要サービス 1年 |
CPU構成について
PLINK2やVCFtoolsはマルチスレッド並列処理が中心のため、コア数の確保が処理時間に大きく影響します。
そこで、Intel Xeon 6517P (16コア) を2基搭載し、合計32コア環境を構築しました。
併せて、2CPU構成とすることで、各CPUが8チャネルずつ、合計16チャネルのメモリ帯域を並列に利用可能です。
これにより、大規模データを扱うゲノム解析でも、安定した並列処理性能を発揮します。
メモリ構成について
1万人規模の全ゲノムデータ (VCFファイル) を解析する場合、メモリ帯域と容量の確保が重要なポイントです。
本構成では、512GB (32GB×16枚) を搭載し、2CPU × 8チャネルの 最大帯域構成としました。
高スレッド処理時でも帯域飽和を抑え、CPU性能を十分に引き出せる設計となっています。
ストレージとGPUについて
ストレージは4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを搭載し、VCF や BAM など大容量データの高速な読み書き性能を確保しました。
また、主要な解析ツールはCPU処理が主体であるため、高性能GPUは採用せず、画面表示用としてNVIDIA RTX A400 (4GB) を選択しています。
このような分野で活躍されている方へ
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テガラのオーダーメイド PC 製作サービスは、導入時の用途に加え、将来的な研究規模の拡大を見据えたシステムの拡張にも対応しています。
各種ソフトウェア要件に応じた構成のご提案はもちろん、研究環境全体の構築に関するご相談も承っています。
お客様のニーズに合わせて最適なソリューションをご提供しますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。
キーワードVCFtoolsとは VCFtoolsは、VCF形式のゲノム変異データを効率的に加工・抽出・統計解析できるコマンドラインツール群です。 PLINK2とは PLINK2は、GWASや集団構造解析など全ゲノム規模の統計解析を実行できる総合解析ツールです。 RFMIX2とは RFMIX2は、混合集団における局所祖先推定を高精度で行うための解析ソフトウェアです。 |
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