トランスクリプトーム解析用マシン

・CPU：24コア 48スレッド 以上のCPU
・メモリ：256GB
・ストレージ：SSD 1TB
・OS：Linux

・CPUはXeonを想定しているが、AMD Threadripperと比較して性能やコストをどう考えるべきか。

・OSはUbuntuかRocky Linuxを予定しているが、Linux初心者に適したディストリビューションはどちらか。

■ストレージ

人間などと比較して、イネのゲノムサイズはそこまで大きくありませんが、解析データの容量はそれなりのサイズになると考えられます。本件では、データ保存用の外部ストレージをお客様側で用意すると伺っていますが、PC本体のみで運用する場合には、データ用のストレージを搭載することをお勧めします。

■CPU

24コアのXeonとThreadripper PROで比較すると、性能面ではThreadripper PROの方が優位です。
CPU単体の価格では、相対的にはXeonよりもThreadripperPROの方が安価ですが、構成全体のトータルコストでは、ThreadripperPRO 24コア構成は100万円台前半になるため、本件ではコストを優先し安価なXeonの2CPU構成でご提案しています。

なお、次世代シーケンサー解析はCPUコア数やメモリ容量が重要な処理ですので、コア数を減らしてクロック重視で計算速度を上げる考え方はあまり有効ではありません。そのため、シングルコア性能が多少低くても、コア数を確保できる構成を優先するのが望ましいとお考えください。

■OS

OSに関しては、Ubuntuと比べてRocky Linuxはあまり融通が利きません。
これは、UbuntuとRocky Linux (のベースになっているRedhat Enterprise Linux) の開発思想の違いによります。

Rocky LinuxのベースであるRHELは、長期運用の安定性を第一としています。
Ubuntuはワークステーション向けのディストリビューションとして優れており、最新のハードウェアを採用したワークステーションとしてパフォーマンスを重視する場合、パッケージの更新頻度やカーネルバージョンなどの面でメリットがあります。

Rocky Linuxを積極的に選択する理由がない場合には、Ubuntuをお勧めいたします。

■FAQ

・トランスクリプトーム解析とは
トランスクリプトームとは、組織、細胞内における遺伝子転写産物(mRNA)の全体を指す。トランスクリプトーム解析は、生体細胞内における遺伝子の発現状況を網羅的に把握する解析手法。RNA-Seq解析や遺伝子発現解析とも呼ばれる。

・Ubuntuとは
Ubuntuは、Linuxディストリビューションの1つ。フリーソフトとして提供されており、グラフィカルインストーラーにより、簡単に短時間でインストールして使用することができる。

参考：Ubuntu (Ubuntu Japanese Team) ※外部サイトへ飛びます

・Rocky Linuxとは
Rocky Linuxは、Linuxディストリビューションの1つ。Red Hat Enterprise Linux (RHEL)のソースコードを使用しており、互換性を持つ。フリーソフトとして提供されており、長期の定期アップデートによる安定性を特長とする。

参考：Rocky Linux (Rocky Enterprise Software Foundation) ※外部サイトへ飛びます